Las líneas de generación y/o aplicación del conocimiento de la MPPM se vinculan con las que conforman el Programa  de Investigación del Área, denominado Observatorio Urbano de la Ciudad de México.
Y son las siguientes:

 1. Dinámica socioespacial economía y estructura urbana. Esta línea de investigación observa y registra las transformaciones en la estructura urbana: los usos del suelo y segregación espacial, procesos de poblamiento y despoblamiento, formas de producción y apropiación del espacio construido, propiedad de la tierra, inversiones en obras de infraestructura y transporte, entre otros aspectos. Intenta explicar dichas transformaciones, en relación con los acontecimientos políticos, económicos y demográficos. Evalúa su impacto ambiental y sus implicaciones para la equidad e integración social, y elabora análisis prospectivos y escenario futuros para fines de la planeación.

2. Gobierno, políticas públicas y sociedad civil. Tiene por objeto analizar el ejercicio de gobierno y de gestión desde distintas dimensiones y perspectivas: estructura y prácticas institucionales de la Ciudad de México; diseño, implementación y evaluación de las políticas públicas: locales y metropolitanas; mecanismos de control gubernamental; manejo de las finanzas y  recursos públicos; descentralización, democracia y participación ciudadana; relación, participación e incidencia de diversas organizaciones de la sociedad civil en la gestión y definición de políticas. Asimismo, pretende analizar el seguimiento y el impacto de decisiones, inversiones y procesos de gestión que se originan en el ámbito de las relaciones internacionales.

3. Prácticas urbanas, hábitat y población.  Esta línea de investigación analiza la ciudad desde la perspectiva de los actores, teniendo en cuenta su inscripción social, a través de los usos y sentidos que le dan al espacio y a la gestión urbana. Es una visión desde la vida cotidiana de la población, sus condiciones de vida y sus prácticas tal como éstas se desarrollan en los espacios públicos y privados.

4. Historia urbana. Además de comprender los antecedentes históricos de los procesos sociales y urbanos actuales, descritos en las líneas anteriores, en lo particular esta línea tiene por objeto estudiar la dinámica, características y actores de los procesos de urbanización y gestión ocurridos en determinados periodos históricos, especialmente durante la primera mitad del siglo XX. Esta línea actualmente se encuentra desactivada porque pocos alumnos se han incorporado a ella.